Im Praktikum werden Methoden zur Proteinstrukturverhersage theoretisch eingefhrt, in praktischen Lsungen behandelt und implementiert. In der Projektarbeit soll ein vollstndiges System entworfen und implementiert werden, das fr gegebene Proteinsequenzen bzw. die open reading frames eines mikrobiellen Genoms oder einer genomischen Region eines hheren Organismus mgliche Strukturvorhersagen berechnet und visualisiert. Dabei sind etablierte Verfahren zu integrieren bzw. zu implementieren und gegebenenfalls neue Verfahren zu entwicklen. Letztlich soll das System einer Evaluierung und die verwendeten Methoden einer kritischen quantitativen Bewertung unterzogen werden, hnlich wie bei den weltweit durchgefhrten Bioinformatik Experimenten CASP oder LiveBench. Ziel ist es, mglichst effizient eine mglichst gute Annotation fr mglichst viele Sequenzen zu bestimmen. Dabei sind der kreativen und innovativen Anwendung und Kombination aller mglichen Bioinformatikmethoden keine Grenzen gesetzt.
Das Praktikum gliedert sich in drei Teile, die jeweils in Projektteams bearbeitet werden: Vorlesungsteil, Seminarteil, Projektarbeit. Im Vorlesungsteil werden Methoden der Softwareentwicklung am Beispiel von am Lehrstuhl verwendeten Softwarepaketen eingefhrt, fortgeschrittene Alignmentmethoden und Methoden zur Homologieerkennung erlutert, sowie hufig verwendete Evaluationsmethoden im Bereich der strukturellen Bioinformatik vorgestellt. Im zweiten Teil des Praktikums werden in einem Seminarteil die wichtigsten Methoden, Programme, Datenbanken in Teams erarbeitet, die sich in den vergangenen CASP und CAFASP Assessments bewertet haben. Ziel ist hier einen berblick ber gngige Methoden zu bekommen sowie erfolgreiche Verfahren zu verstehen und fr die Projektarbeit nutzbar zu machen. Beide Teile (Vorlesungs- und Seminarteil) werden durch praktische bungen begleitet, in denen die vorgestellten Techniken in der Praxis verwendet werden sollen. In der dritten Phase dient die Projektarbeit dazu, einen funktionsfhigen und effizienten CASP/CAFASP Server inklusive der Bewertungs und Visualisierungskomponenten zu implementieren und anhand realistischer Beispiele genomischer Regionen und Proteinsequenzen zu evaluieren.
