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Algorithmische Bioinformatik: Bäume und Graphen (SS 2011)
This page is available in German only.
Aktuelle Hinweise
Die Klausur fand am Mittwoch, den 3. August um 9:00 im
Seminarraum 107 in der Amalienstr. 17 statt.
Die Klausurergebnisse sind
verfügbar.
Für die Klausureinsicht bitten wir einen individuellen Termin zu
vereinbaren.
Die Scheine können ab sofort bei Frau Schneider im Raum 405
abgeholt werden.
Die Wiederholungsklausur findet am Dienstag, den 10. Januar im
Raum 406 statt. Das zugehörige Informationsblatt ist
verfügbar.
Das Skript (V4.36/14.09.11) ist
verfügbar.
Zur Diskussion besteht u.a. auch im Forum
www.die-informatiker.net
die Möglichkeit.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10ct-12 Th B047 Do 10ct-12 Th A027
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Voraussetzungen
Stoff des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums
Inhalt der Vorlesung
Die Vorlesung behandelt voraussichtlich die folgende Themen:
Evolutionary Trees
binäre perfekte Phylogenie
allgemeine perfekte Phylogenie
perfekte Phylogenie mit zwei Merkmalen
ultrametrische Bäume
additive Bäume
kompakt additive Bäume
Exkurs: Priority Queues und Fibonacci-Heaps
Sandwich- und Approximationsprobleme
Splits und Splits-Graphen
Physical Mapping
PQ-Bäume und Consecutive Ones Property
PQR-Bäume, PC-Bäume und andere Varianten
Exkurs: Union-Find-Datenstrukturen
Intervall-Graphen und parametrisierte Sandwich-Probleme
Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte detaillierte
Inhaltsangabe zur Verfügung
gestellt.
Scheinerwerb
Einen Schein erhält, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben
erreicht und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt.
Die Semestralprüfung findet als schriftliche Prüfung statt.
Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen
bis Mitte Mai anmelden.
Die Semestralklausur findet am Mittwoch, den 3. August um 9:00 im
Seminarraum 107 in der Amalienstr. 17 statt.
Die Wiederholungsklausur findet findet am Dienstag, den 10. Januar im
Raum 406 statt.
Informationsblätter
Übungsblätter
Übungsblatt Abgabe bis
Blatt 0 (vom 03.05.11) Dienstag, den 10.05.11 vor der Vorlesung
Blatt 1 (vom 10.05.11) Dienstag, den 17.05.11 vor der Vorlesung
Blatt 2 (vom 17.05.11) Dienstag, den 24.05.11 vor der Vorlesung
Blatt 3 (vom 24.05.11) Dienstag, den 31.05.11 vor der Vorlesung
Blatt 4 (vom 31.05.11) Dienstag, den 07.06.11 vor der Vorlesung
Blatt 5 (vom 07.06.11) Dienstag, den 21.06.11 vor der Vorlesung
Blatt 6 (vom 21.06.11) Dienstag, den 28.06.11 vor der Vorlesung
Blatt 7 (vom 28.06.11) Dienstag, den 05.07.11 vor der Vorlesung
Blatt 8 (vom 05.07.11) Dienstag, den 12.07.11 vor der Vorlesung
Blatt 9 (vom 12.07.11) Dienstag, den 19.07.11 vor der Vorlesung
Blatt 10 (vom 19.07.11) Dienstag, den 26.07.11 vor der Vorlesung
Semestralklausur (vom 03.08.11)
Semestralklausur mit
Lösungsskizzen (vom 03.08.11)
Material
Es wird vorlesungsbegleitend ein Skript
zur Verfügung gestellt.
Literatur zur Vorlesung
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz:
Algorithmischen Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und
Komplexität , Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen:
Computational Molecular Biology - An Introduction , Wiley,
2000.
J. Felsenstein:
Inferring Phylogenies , Sinauer Associates, 2004.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik I/II/III ,
Skriptum ,
2001-2005
M. Nei, S. Kumar:
Molecular Evolution and Phylogenetics , Oxford University Press,
2000.
C. Semple, M. Steel:
Phylogenetics ,
Oxford Lecture Series in Mathematics and its Applications, Vol. 24.
Oxford University Press, 2003.
J.C. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology ,
PWS Publishing Company, 1997.
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