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Programmierpraktikum Bioinformatik (WS 2008/09)
This content is available in German only.
Aktuelle Hinweise
Der Blockteil des Programmierpraktikums findet vom 16. Februar
mit 06. März 2009 statt.
Alle Teilnehmer des Praktikums benötigen eine Rechnerkennung im
CIP-Pool des Instituts für Informatik der LMU .
Daher bitten wir alle Teilnehmer, ihre Rechnerkennung am CIP-Pool zu
überprüfen und gegebenenfalls sich rechtzeitig
(d.h. bis Semesterbeginn!!) um eine gültige Rechnerkennung zu
kümmern.
Alte Hinweise
Die organisatorische Einführungsveranstaltung zum
Programmierpraktikum findet am Dienstag, den 14. Oktober um
14ct im CIP-Pool in der Amalienstr. 17 statt.
Die Teilnahme daran ist für alle Praktikumsteilnehmer
verpflichtend .
Um zum Blockteil der Veranstaltung zugelassen zu werden ist für
jede/n Teilnehmer/in die Implementierung von mindestens einem bzw. zwei
Java-Spielen (je nach Schwierigkeitsgrad) bis zum 16.12.2008
verpflichtend.
Um Sie hierbei zu unterstützen und um Ihnen die Grundlagen, die Sie
für die Implementierung der Spiele benötigen, beizubringen, finden
in den ersten Wochen vom 21.10.2008 mit 11.11.2008 Vorlesungen und praktische
Übungen am Rechner statt. Die Vorlesungen und Übungen werden von
Fabian Birzele und Lothar Richter betreut.
Die Anmeldung zum Programmierpraktikum Bioinformatik ist ab sofort
bis zum 9. Oktober 2008 möglich.
Allgemeine Informationen
Praktikumsleitung:
Volker Heun, Stefan Kramer, Ralf Zimmer
Betreuung:
Fabian Birzele, Florian Erhard, Caroline Friedel, Robert Küffner,
Tobias Petri, Lothar Richter, Lukas Windhager
Projektphase während der Vorlesungszeit:
21.10.–18.10.
TUM SG 1260
04.11.–11.11.
LMU CIP-Pool Amalienstr.17
Blockveranstaltung:
16.02.–20.02., 9ct–13
HS B139, Theresienstraße 39
20.02.–20.02., nachmittags
LMU CIP-Pool Amalienstr.17
21.02.–06.03., ganztägig
LMU CIP-Pool Amalienstr.17
Praktikumswebseite
Zum laufenden Programmierpraktikum gibt es eine
interne Praktikumswebseite ,
die die Aufgaben, Folien, Literaturhinweise und weitere Informationen
für die Teilnehmer enthält.
Anmeldung
Aus organisatorischen Gründen ist eine
Anmeldung zum Programmierpraktikum bis zum 9. Oktober 2008
erforderlich.
Voraussetzungen
Umgang und Programmierung unter Unix/Linux Systemen sowie Programmierkenntnisse
in Java und Perl, wie sie im ersten Studienjahr durch aktive praktische
Erfahrungen im Programmieren zu erwerben sind, werden vorausgesetzt.
Um zum Blockteil der Veranstaltung zugelassen zu werden, ist für alle
Teilnehmer die Implementierung von mindestens einem bzw. zwei Java-Spielen (je
nach Schwierigkeitsgrad) bis zum 16.12.2008 verpflichtend. Um Sie hierbei zu
unterstützen und um Ihnen die Grundlagen, die Sie für die
Implementierung der Spiele benötigen, beizubringen finden in den ersten
Wochen vom 21.10.2008–11.11.2008 immer Dienstags Vorlesungen und
praktische Übungen am Rechner statt.
Vorbereitendes Material zu dem Kurs finden sie in dem
Java Game
Programming Tutorial hier
Ziel des Programmierpraktikum
Nach dem Programmierpraktikum sollen die Teilnehmer einen guten Einblick in
webbasierte Bioinformatikanwendungen und die derzeit vorherrschend dazu
eingesetzte Infrastruktur und Tools haben und eigenständig neue
Applikationen benutzergerecht entwickeln und präsentieren können.
Inhalt
Im Praktikum werden Bioinformatik-Anwendungsprogramme, Infrastruktur- und
Programmierwerkzeuge zu einer Basisarbeitsumgebung für die Bioinformatik
integriert. Dabei werden Basiskenntnisse in allen drei Bereichen
Bioinformatikanwendungen
Betriebssystem, Web, Datenbanken, Skripting, und
Programmierung
vermittelt und eingesetzt. Als Bioinformatik Anwendungungsprogramme werden
Tools wie Blast, Fasta, Rasmol, ... verwendet. Einige neue
Tools der Arbeitsumgebung werden im Praktikum in Java oder Perl implementiert.
Die Programme werden über eine Webschnittstelle angesprochen und die
Ergebnisse der Programme ebenfalls per Webbrowser visualisiert.
Zur Implementierung und Integration werden Perl und Java unter Linux,
MySql und HTML/XML eingesetzt.
Projektphase während der Vorlesungszeit
Um zum Blockteil der Veranstaltung zugelassen zu werden ist für jede/n
Teilnehmer/in die Implementierung von mindestens einem bzw. zwei
Java-Spielen (je nach Schwierigkeitsgrad) bis zum 16.12.2008
verpflichtend.
Um sie hierbei zu unterstützen, finden nach den Java-Vorlesungen von Herrn Richter nun die beiden Vorlesungen zur Spieleentwicklung in Java statt. Hierbei
werden folgende Themen behandelt:
04.11.2008 :
In dieser ersten Vorlesung werden wir uns mit Java-Applets, Animation und dem
Handling von Benutzerevents befassen. Die einzelnen Übungen sollen dabei
direkt am Rechner ausprobiert werden. Ich möchte Sie daher bitten
rechtzeitig um 12 Uhr im CIP-Pool in der Amalienstrae zu sein und sich
jeweils (zu zweit) einen Rechner zu kapern! Die Vorlesung wird etwa bis 14
Uhr dauern.
11.11.2008 :
In der zweiten Vorlesung werden wir aufbauend auf den Kenntnissen der ersten
Vorlesung ein erstes Spiel programmieren ("Pong"). Wieder sollen Sie die
jeweiligen Schritte gleich am Rechner ausprobieren. Wenn alles glatt geht
wird diese Vorlesung wieder bis 14 Uhr dauern. >Anschließend werde
ich Ihnen die zur Auswahl stehenden Spiele kurz vorstellen, von denen Sie
dann eines oder zwei (je nach Schwierigkeit) bis zum 16.12 implementieren
sollen.
Um Sie bei der Implementierung der Spiele zu untersttzen, finden
folgende Rechnerübungen statt, in denen Sie Fragen stellen
und Lösungsanstze diskutieren können. Bei Interesse melden Sie sich
bitte per Mail bei mir an!
Dienstag, 18.11: Keine Rechnerübung!!
Dienstag, 25.11: 12-14 Uhr im CIP-Pool der Amalienstrae
Dienstag, 02.12: 12-14 Uhr im CIP-Pool der Amalienstrae
Dienstag, 09.12: 12-14 Uhr im CIP-Pool der Amalienstrae
Montag, 15.12: Abgabe der Spiele per Mail!
Wenn Sie sich bereits vorbereiten wollen, finden Sie das Tutorial für
die erste Vorlesung
HIER und zwar die Kapitel 1-4 .
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