Algorithmen auf Sequenzen (SS 2013)

Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:

• Optimal Scoring Subsequences
• Suffix-Trees Revisited
• Repeats
• Interludium: LCA-Queries und RMQ
• Suffix-Arrays
• Genome Rearrangements

Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte Gliederung der Vorlesung zur Vorlesung zur Verfügung gestellt.

Die Modulprüfung besteht, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben erreicht und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt. Die Semestralprüfung findet als Semestralklausur statt.
Die Zusammenarbeit und Abgabe von bis zu 2 Personen ist erlaubt. Dabei ist zu beachten, dass beide in den Übungen in der Lage sein müssen, die gemeinschaftlich erarbeitete Lösung an der Tafel vorzustellen.
Wer die Modulprüfung ablegen will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen bis zum 22. April anmelden.
Die Klausur findet am Dienstag, den 23. Juli um 9 Uhr c.t. im Seminarraum A105 in der Amalienstr. 17 statt.

Das bestehende Skript wird vorlesungsbegleitend aktualisiert.

• S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
• D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
• G. Fertin, A. Labarre, I. Rusu, E. Tannier, S. Vialette: Combinatorics of Genome Rearrangements, MIT Press, 2009.
• V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skripten, 2001-2009.
• S. Kurtz: Lecture Notes for Foundations of Sequence Analysis, Chapter 4, 2001.
• P. Pevzner: Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach, MIT Press, 2000.
• Sowie zahlreiche Originalliteratur (siehe Skript).