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Strukturen von Splice-Isoformen

Wir bauen einen Server für die Analyse der Proteinstrukturen von Alternative Splicing Isoformen. Vorarbeiten, die in (Birzele et al, 2008a) beschrieben sind, untersuchen gut annotierte Splice-Isoformen, die in der Proteindatenbank SwissProt definiert sind. Darauf aufbauend wurde eine Datenbank von sogenannten nicht-trivialen Splice-Event Strukturen erstellt (Birzele et al, 2008b), die strukturell interessant und nicht einfach zu erklären sind.

Ziel des Praktikums ist es einen Workflow zur strukturellen Analyse von Splice-Isoformen zu erstellen und diesen genomweit anzuwenden. Eine erste interessante Vorarbeit in diese Richtung (Anwendung auf einen sehr kleinen Teil des ENCODE Projekts in 2007) findet sich in (Tress, et al, PNAS 2007). Neue Hochdurchsatzdaten (v.A. next generation sequencing) liefern neue Quellen für potentielle Splice-Isoformen, die ebenfalls genutzt werden sollen. Letztlich soll eine benutzerfreundliche Datenbank von Splice-Isoformen und modellierten Proteinstrukturen erstellt werden.

Interne Seite

Mit Beginn des Praktikums werden alle nötigen Materialien auf einer internen Seite veröffentlicht (Interne Seite)

Zeit und Ort der Veranstaltung

Das Praktikum findet während des Semesters Dienstags und Donnerstags 14-18 Uhr statt. Der 2-wöchige Blockteil schliesst sich an die Vorlesungszeit an.

Die erste Veranstaltung ist
am Donnerstag, 17.10.2013, 14:00 im SR 105, Amalienstr. 17.

Organisation

Praktikumsleitung:

Betreuung:

Beschreibung

Das Praktikum gliedert sich in drei Teile: Vorlesungsteil und Seminarteil, Praktikumsteil, Projektarbeit. Die Projektarbeit im Blockteil wird in Projektteams bearbeitet.

Im Vorlesungsteil und Seminarteil des Praktikums werden wir alle Themen behandeln, die für das Projekt nötig sind.
Konkret wird es in zwei-Wochen Rythmus zu den einzelnen Themengebieten zwei Vorträge von Studenten geben. Im zugehörigen Praktikumsteil wird in jeweils einem Arbeitsblatt entsprechende Teile für den zu bauenden Server implementiert.
Im Blockteil werden dann Gruppen gebildet und der Server aus den Komponenten gebaut. Zusätzlich bearbeitet jede Gruppe einen individuellen Schwerpunkt zur Erweiterung des Servers erweitert.

Veranstaltungstermine

Die aktuelle Veranstaltungsliste finden Sie auf der internen Seite (siehe oben).

Datum	Uhrzeit	Vortragende(r)	Thema	Material	Ort

Vorkenntnisse

Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)
Bioinformatik Programmierpraktikum

Literatur

Folgende Artikel können als Einstieg in das Thema dienen:

Strukturen von Splice Isoformen (Birzele et al, NAR, 2008a) [1] und
Überblick über die zugehörige Datenbank (Birzele et al, NAR, 2008b) [2].
Splicing in ENCODE Daten (Tress, et al, PNAS 2007) [3].

Da das Thema Strukturanalyse für die Arbeiten im Praktikums sehr wichtig ist, nimmt es auch im Seminar- und Übungsteil einen größeren Raum ein. Der folgende Rückblick auf die CASP (Critical Assessment of Protein Structure Prediction) Wettbewerbe ermöglicht einen leichteren Einstieg in die Themen Proteinstrukturvergleich, Modellbewertung und Strukturvorhersage:

John Moult, A decade of CASP: progress, bottlenecks and prognosis in protein structure prediction, Current Opinion in Structural Biology Volume 15, Issue 3, Sequences and topology/Nucleic acids, June 2005,
Pages 285-289

(DOI).

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Practical course genome oriented bioinformatics (WS 2013/14)

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