Interne Seite: Masterpraktikum WS15/16

Das Ziel des Praktikums ist die Teilnahme an der aktuellen SMC-RNA DREAM-challenge (SMC-RNA Sub-Challenge 2). Dazu sollen die Teilnehmer in der WarmUp-Phase zu Beginn des Semesters zunächst die veröffentlichten Ergebnisse von Eswaran et al. reproduzieren. Das Ziel des Seminarteils ist die benötigten Daten und Programme praktisch für den Challenge verfügbar zu machen, so dass dann darauf aufbauend weitergehende eigene Ansätze entwickelt werden können.

Datum	Uhrzeit	Name	Thema	Material
13.10..2015	15:00-15:30	Prof. Zimmer	Kick off: Organisation, Criteria and Goals	(Intro+Background (previous term SS2015))
13.10.2015	15:30-16:30	Florian Erhard	NEAP Introduction

Paper	PDF
Eswaran, J, Horvath, A, Godbole, S, Reddy, SD, Mudvari, P, Ohshiro, K, Cyanam, D, Nair, S, Fuqua, SA, Polyak, K, Florea, LD, Kumar, R (2013). RNA sequencing of cancer reveals novel splicing alterations. Sci Rep, 3:1689.	pdf
Eswaran, J, Cyanam, D, Mudvari, P, Reddy, SD, Pakala, SB, Nair, SS, Florea, L, Fuqua, SA, Godbole, S, Kumar, R (2012). Transcriptomic landscape of breast cancers through mRNA sequencing. Sci Rep, 2:264.	pdf
Parker, JS, Mullins, M, Cheang, MC, Leung, S, Voduc, D, Vickery, T, Davies, S, Fauron, C, He, X, Hu, Z, Quackenbush, JF, Stijleman, IJ, Palazzo, J, Marron, JS, Nobel, AB, Mardis, E, Nielsen, TO, Ellis, MJ, Perou, CM, Bernard, PS (2009). Supervised risk predictor of breast cancer based on intrinsic subtypes. J. Clin. Oncol., 27, 8:1160-7.	pdf