Praktikum Netzwerk- und Expressionsdaten-Analyse (SS2011)

Ein detaillierter Zeitplan mit verlinktem Material ist auf der passwortgeschützte Seite
zu finden.

Termin	Thema	Vortragender
tba	Einführungsveranstaltung	Prof. Ralf Zimmer
tba	Expressionsdaten, Eine Übersicht	tba
on demand	DREAM - Der Wettbewerb 2011	tba
tba	Expressiondaten, Analyse-Verfahren	tba
tba	Netzwerkbasierte Analysen und Modelle	tba
tba	Studentische Vorträge
tba	Studentische Vorträge
tba	Milestone A, Abnahme des Basissystems	Plenum
tba	Milestone B, Abnahme Prototypen	Plenum
tba	SEMESTERENDE	-
tba	Milestone C, Abnahme Blockphasenkonzepte	Plenum
tba	Endabnahme	Plenum

• Prof. Dr. Ralf Zimmer
• Dr. Robert Küffner
• Tobias Petri

• Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)
• Bioinformatik Programmierpraktikum
• Genomorientiertes Programmierpraktikum

Im Zentrum des Praktikums steht die Beschaffung, Analyse und Integration von Expression- und Netzwerkdaten. Die Teilnehmer entwickeln hier neue Methoden und erarbeiten zum Ende der Veranstaltung eine entsprechende Veröffentlichung.
Gelehrt werden aktuelle und klassische Verfahren. Als besonderer Anreiz die eigene Arbeit anzuwenden wird eine Teilnahme am international ausgeschriebenen DREAM Wettbewerb angestrebt.

Die Veranstaltung hat drei Teile:

1. Seminar- und Methodenteil
2. Implementierung eines neuartigen Verfahrens zur Analyse von Genexpressionsdaten
3. Anwendung auf aktuelle Daten und Schreiben eines Papers

Zur Beachtung: Während des Seminarteils finden ggf. Vorträge auch Donnerstags statt um einen raschen Einstieg in die praktische Problemlösung zu finden.

Allgemein

• Bioconductor Workshops
• BioConductor Course
• Affymetrix white papers

R

• An Introduction to R
• R for Beginners
• Using R for Data Analysis and Graphics
• R Reference Card

R und Expressionsdatenanalyse

• Center for Plant Biology

Einführende Literatur

• passwortgeschützte Literatur