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Algorithmische Bioinformatik I (SS 2014)
Aktuelle Hinweise
Die Ergebnisse der
Wiederholungsprüfung sind verfügbar.
Die Ergebnisse sind an den Prüfungsausschuss Bioinformatik
übermittelt worden, die Scheine können ab 20. Oktober
im Sekretariat bei Frau Schneider (Amalienstr. 17, Raum 405)
abgeholt werden.
Die Version 5.42 vom 08.07.14 des
Skripts ist verfügbar.
Zur Diskussion besteht u.a. auch im Forum
die-informatiker.net
die Möglichkeit.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Übung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10ct-12 B004 Theresienstr. 39 Do 10ct-12 S007 Schellingstr. 3
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistenten:Benjamin Albrecht Maximilian Miller
G1
Mi
14-16
105
Amalienstr. 17
G2
Mi
8-10
105
Amalienstr. 17
Voraussetzungen
Beherrschung des Stoffs des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums der
ersten drei Semester.
Inhalt der Vorlesung
Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:
Entwurf und Analyse von Algorithmen
String Matching
Suffix-Bäume
Sequence Alignment
Fragment Assembly
Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte
Gliederung der Vorlesung zur Vorlesung zur
Verfügung gestellt.
Modulprüfung
Um die Modulprüfung (zur Vorlesung und Übung) zu bestehen,
ist eine erfolgreiche Teilnahme an der Semestralprüufung
erforderlich.
Die Semestralprüfung wird als Semestralklausur durchgeführt.
Wer an den Übungen bzw. der Modulprüfung teilnehmen will,
muss sich bis zum 16. April um 12 Uhr anmelden.
Die Semestralklausur findet am Donnerstag, den 17. Juli
ab 9 Uhr im B005 in der Theresienstr. 39 statt.
Die Wiederholungsklausur findet voraussichtlich im September/Oktober
statt. Momentan ist ittwoch, der 8. Oktober eingeplant,
vorbehaltich einer Verschiebung aufgrund von Kollisionen mit anderen,
noch nicht bekannten Terminen von Wiederholungsklausuren.
Informationsblätter
Übungsblätter
Programmieraufgaben in JAVA sind grundsätzlich als ausführbare jar-Dateien abzugeben. Folgender Aufruf muss möglich sein:
java -jar gruppenname_blatt[Nr].jar
Material
Das Skript wird vorlesungsbegleitend
aktualisiert.
Literatur zur Vorlesung
S. Aluru (Ed.):
Handbook of Computational Molecular Biology ,
Chapman and Hall/CRC, 2006.
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz:
Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und
Komplexität , Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen:
Computational Molecular Biology - An Introduction , Wiley,
2000.
R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman:
Computational Genome Analysis ,
Springer, 2005.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson:
Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins
and Nucleic Acids , Cambridge University Press, 1998.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik ,
Skripten ,
2001-2009.
N.C. Jones, P.A. Pevzner:
An Introduction to Bioinformatics Algorithms ,
MIT Press, 2004.
J.C. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology ,
PWS Publishing Company, 1997.
W.-K. Sung:
Algorithms in Bioinformatiks: A Practical Introduction ,
CRC Press, 2010.
M.S. Waterman:
Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and
Genomes , Chapman and Hall, 1995.
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