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Inhalt
Algorithmische Bioinformatik I (SS 2016)
Aktuelle Hinweise
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Übung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik im Bereich Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10ct-12 B132 Theresienstr. 39 Do 10ct-12 B132 Theresienstr. 39
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistenten:Markus Joppich Jens Quedenfeld Constantin Ammar algo1 * at * bio.ifi.lmu.de erreichbar.
G1
Mi
14-16
105
Amalienstr. 17
G2
Mi
16-18
105
Amalienstr. 17
Voraussetzungen und Vorbereitungen
Beherrschung des Stoffs des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums der
ersten drei Semester.
(Grundlagen:) Algorithmen und Datenstrukturen sowie
teilweise des Moduls Analysis (zum Thema Differentiation und
Integration) aufzufrischen.
Inhalt der Vorlesung
Die Vorlesung behandelt die folgende Themen:
Entwurf und Analyse von Algorithmen
String Matching
Suffix-Bäume
Sequence Alignment
Fragment Assembly
Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte
Gliederung der Vorlesung zur Vorlesung zur
Verfügung gestellt.
Modulprüfung
Um die Modulprüfung (zur Vorlesung und Übung) zu bestehen,
ist eine erfolgreiche Teilnahme an der Semestralprüufung
erforderlich.
Die Semestralprüfung wird als Semestralklausur durchgeführt.
Wer an den Übungen bzw. der Modulprüfung teilnehmen will,
muss sich bis zum 19. April um 12 Uhr anmelden.
Die Semestralklausur fand am 21. Juli um 9:30 im Hörsaal
B138 in der Theresienstr. 39 statt.
Die Wiederholungsklausur findet am 19. Oktober um 14:00 im
Seminarraum A105 in der Amalienstr. 17 statt.
Informationsblätter
Übungsblätter
Material
Das Skript wird vorlesungsbegleitend
aktualisiert.
Literatur zur Vorlesung
S. Aluru (Ed.):
Handbook of Computational Molecular Biology ,
Chapman and Hall/CRC, 2006.
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz:
Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und
Komplexität , Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen:
Computational Molecular Biology - An Introduction , Wiley,
2000.
R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman:
Computational Genome Analysis ,
Springer, 2005.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson:
Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins
and Nucleic Acids , Cambridge University Press, 1998.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik ,
Skripten ,
2001-2009.
N.C. Jones, P.A. Pevzner:
An Introduction to Bioinformatics Algorithms ,
MIT Press, 2004.
J.C. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology ,
PWS Publishing Company, 1997.
W.-K. Sung:
Algorithms in Bioinformatiks: A Practical Introduction ,
CRC Press, 2010.
M.S. Waterman:
Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and
Genomes , Chapman and Hall, 1995.
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