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Algorithmische Bioinformatik II (WS 2008/09)
Aktuelle Hinweise
Die Wiederholungsklausur findet am 16. April statt.
Das zugehörige Informationsblatt 3 ist verfügbar.
Die Klausurergebnisse sind
verfügbar .
Die Scheine können ab Montag, den 2. März im Sekretariat bei Frau
Schneider (Raum 406, Amalienstr. 17) abgeholt werden. Die Notenliste wird
automatisch an den Schriftführer des Prüfungsausschusses
weitergeleitet.
Die Version 2.100 (03.02.09) des Skripts ist verfügbar.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 8 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10-12 Theresienstr. 39, B047 Do 10-12 Theresienstr. 39, B047
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistenten:
Florian Erhard ,
Caroline Friedel ,
Bernhard Schauberger
Mi 14-16 Amalienstr. 17, SR105
Florian Erhard .
Fr 14-16 Amalienstr. 17, SR107
Bernhard Schauberger
Voraussetzungen
Stoff des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums.
Inhalt der Vorlesung
Die Vorlesung behandelt voraussichtlich die folgende Themen:
Approximierbarkeit
Multiple Sequence Alignment
Probabilistic Modeling
Hidden Markov Models
Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte detaillierte
Inhaltsangabe zur Verfügung
gestellt.
Scheinerwerb
Einen Schein erhält, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben
erreicht und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt.
Die Semestralprüfung findet als schriftliche Prüfung statt.
Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen
bis zum 24. Oktober anmelden.
Informationsblätter
Übungsblätter
Übungsblatt Abgabe bis
Übungsblatt 0 27.10.08, 12:00
Übungsblatt 1 03.11..08, 12:00
Übungsblatt 2 10.11.08, 12:00
Übungsblatt 3 17.11.08, 12:00
Übungsblatt 4 24.11.08, 12:00
Übungsblatt 5 01.12.08, 12:00
Übungsblatt 6 08.12.08, 12:00
Übungsblatt 7 15.12.08, 12:00
Übungsblatt 8 22.12.08, 12:00
Übungsblatt 9 12.01.09, 12:00
Übungsblatt 10 19.01.09, 12:00
Übungsblatt 11 26.01.09, 12:00
Semestralklausur
Semestralklausur (Lösungshinweise)
Material
Es wird vorlesungsbegleitend ein Skript ,
zur Verfügung gestellt.
Literatur zur Vorlesung
S. Aluru (Ed.):
Handbook of Computational Molecular Biology ,
Chapman and Hall/CRC, 2006.
G. Ausiello, P. Crescenzi, G. Gambosi, V. Kann, A. Marchetti-Spaccamela,
M. Potasi:
Complexity and Approximation: Combinatorial Optimization Problems and
Their Approximability ,
Springer, 1999.
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz:
Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und
Komplexität , Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen:
Computational Molecular Biology - An Introduction , Wiley,
2000.
R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman:
Computational Genome Analysis ,
Springer, 2005.
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson:
Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins
and Nucleic Acids , Cambridge University Press, 1998.
W.J. Ewens, G.R. Grant:
Statistical Methods in Bioinformatics ,
Springer, 2001.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik ,
Skriptum ,
2001-2008.
A. Isaev:
Introduction to Mathematical Methods in Bioinformatics ,
Springer, 2004.
N.C. Jones, P.A. Pevzner:
An Introduction to Bioinformatics Algorithms ,
MIT Press, 2004.
T. Koski:
Hidden Markov Models for Bioinformatics ,
Kluwer Acedimics Publishers, 2001.
D.W. Mount:
Bioinformatics - Sequence and Genome Analysis ,
Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001.
J.C. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology ,
PWS Publishing Company, 1997.
M.S. Waterman:
Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and
Genomes , Chapman and Hall, 1995.
I. Wegener:
Komplexitätstheorie - Grenzen der Effizienz von Algorithmen ,
Springer 2003.
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