Programmierpraktikum Bioinformatik (WS 2010/11)

Aktuelle Hinweise

Die Ergebnisse sind auf der Teilnehmer-Seite verfügbar.

Alte Hinweise

Die Projektphase während der Vorlesungszeit findet dienstags 12-14 bis Weihnachten statt. Der Blockteil des Programmierpraktikums findet vom 21. Februar mit 11. März 2011 statt.
Der Blockteil beginnt am 21. Februar um 9ct im Hörsaal M203 im Hauptgebäude der LMU.
Am Di, 21. Dezember findet um 12 Uhr c.t. im cip-Pool die Besprechung der Abgaben und Veröffentlichung der Sieger der Endrunde statt.
Die Frist zur Abgabe wurde bis Donnerstag, 16. Dezember 2010 verlängert. Diejenigen, die schon per Email abgegeben haben, dürfen natürlich eine weitere Lösung nachreichen.
Am Di, 14. Dezember ist der Abgabetermin für die Othello-Projekte. Es herrscht keine Anwesenheitspflicht im cip-Pool, aber wir stehen für Fragen zur Verfügung. Der Abgabeserver wird um 24:00 Uhr geschlossen, bis dahin müssen sich die lauffähigen Abgaben auf dem Server befinden. Ebenfalls bis zum 14.12.2010, 24:00 Uhr schicken Sie die vollständige Abgabe (inkl. GUI, Datenstrukturen, KI und kommentiertem Sourcecode) per Email an Tobias Petri oder Konrad Schreiber. Als Abgabe per Email wird eine ausführbare .jar-Datei erwartet, die die GUI startet und ein Othello-Spiel gegen ihre KI ermöglicht. Eventuelle Kommandozeilenparameter sollen ggf. beim Aufruf der .jar-Datei auf der Konsole (standard out) ausgegeben werden (vgl. Ausgabe von anderen Linux Kommandozeilenprogrammen, z.B. mplayer im cip-Pool).
Die Implementierungen der Datenstruktur für das Othello-Spiel sind bis spätestens Di. 30. November abzugeben. Abgaben bitte per Email an Konrad Schreiber (schreiber@...) oder Tobias Petri (petri@...)
Es gibt eine kurze Einführung in das Spielprojekt "Othello" (Vortrag) am 16.11.2010, 12 Uhr c.t. im CIP Pool Amalienstraße. Dann wird auch der Abgabeserver geöffnet. Jeder Praktikumsteilnehmer sollte spätestens in dieser Woche mit der Programmierung des Othellospiels anfangen.
Bitte reichen sie die Lösungen zu den Programmierübungen im Vorfeld des Praktikums bis Montag abend ein um Feedback zu erhalten.
Die organisatorische Einführungsveranstaltung zum Programmierpraktikum findet voraussichtlich am Dienstag, dem 19. Oktober, um 14ct im CIP-Pool in der Amalienstr. 17 statt. Die Teilnahme daran ist für alle Praktikumsteilnehmer verpflichtend.
Die Anmeldung zum Programmierpraktikum Bioinformatik ist bis zum 12. Oktober 2010 möglich.
Alle Teilnehmer des Praktikums benötigen eine Rechnerkennung im CIP-Pool des Instituts für Informatik der LMU. Daher bitten wir alle Teilnehmer, ihre Rechnerkennung am CIP-Pool zu überprüfen und gegebenenfalls sich rechtzeitig (d.h. bis Semesterbeginn!!) um eine gültige Rechnerkennung zu kümmern.

Allgemeine Informationen

Projektphase während der Vorlesungszeit:

26.10. – 21.12.

Di 12-14

CIP-Pool, Amalienstr. 17
Details siehe unter Projektphase

Blockveranstaltung:

21.02.–25.02., 9ct–13	Hauptgebäude, HS M203
21.02.–25.02., nachmittags	LMU CIP-Pool Amalienstr.17
26.02.–11.03., ganztägig	LMU CIP-Pool Amalienstr.17

Praktikumswebseite

Zum laufenden Programmierpraktikum gibt es eine interne Praktikumswebseite, die die Aufgaben, Folien, Literaturhinweise und weitere Informationen für die Teilnehmer enthält (noch icht verfügbar).
Für das Spieleprojekt gibt es eine eigene interne Praktikumswebseite.

Anmeldung

Aus organisatorischen Gründen ist eine Anmeldung zum Programmierpraktikum bis zum 14. Oktober 2010 erforderlich.

Voraussetzungen

Umgang und Programmierung unter Unix/Linux Systemen sowie Programmierkenntnisse in Java und Perl, wie sie im ersten Studienjahr durch aktive praktische Erfahrungen im Programmieren zu erwerben sind, werden vorausgesetzt.

Um zum Blockteil der Veranstaltung zugelassen zu werden, ist für alle Teilnehmer die erfolgreiche Teilnahme am Projekt während der Vorlesungszeit notwendig. Die Details werden noch bekannt gegeben.

Ziel des Programmierpraktikums

Nach dem Programmierpraktikum sollen die Teilnehmer einen guten Einblick in webbasierte Bioinformatikanwendungen und die derzeit vorherrschend dazu eingesetzte Infrastruktur und Tools haben und eigenständig neue Applikationen benutzergerecht entwickeln und präsentieren können.

Inhalt

Im Praktikum werden Bioinformatik-Anwendungsprogramme, Infrastruktur- und Programmierwerkzeuge zu einer Basisarbeitsumgebung für die Bioinformatik integriert. Dabei werden Basiskenntnisse in allen drei Bereichen

Bioinformatikanwendungen
Betriebssystem, Web, Datenbanken, Skripting, und
Programmierung

vermittelt und eingesetzt. Als Bioinformatik Anwendungungsprogramme werden Tools wie Blast, Fasta, Rasmol, ... verwendet. Einige neue Tools der Arbeitsumgebung werden im Praktikum in Java oder Perl implementiert. Die Programme werden über eine Webschnittstelle angesprochen und die Ergebnisse der Programme ebenfalls per Webbrowser visualisiert. Zur Implementierung und Integration werden Perl und Java unter Linux, MySql und HTML/XML eingesetzt.

Projektphase während der Vorlesungszeit

In der Vorlesungszeit werden im Rahmen eines kleinen Projekts die Software-Kenntnisse in Java aufgefrischt. Das erfolgreiche Bestehen dieses Projekts ist Voraussetzung für die Zulassung zum Blockteil.
Material und Aufgaben gibt es hier.

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