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Programmierpraktikum Bioinformatik (WS 2011/12)
Aktuelle Hinweise
Die Seite mit den Materialien zum Programmierpraktikum ist
Passwortgeschützt.
Das Passwort wurde allen Teilnehmern per Email mitgeteilt. Falls
Sie das Passwort
nicht erhalten haben, melden Sie sich bitte bei Konrad Schreiber.
Alle Teilnehmer des Praktikums benötigen eine Rechnerkennung
im CIP-Pool des Instituts für Informatik der LMU .
Daher bitten wir alle Teilnehmer, ihre Rechnerkennung am CIP-Pool zu
überprüfen und gegebenenfalls sich rechtzeitig (d.h. bis
Semesterbeginn!!) um eine gültige Rechnerkennung zu
kümmern.
Alte Hinweise
Die Anmeldung
zum Programmierpraktikum Bioinformatik13. Oktober 2011 möglich.
Die organisatorische Einführungsveranstaltung zum
Programmierpraktikum findet voraussichtlich am Dienstag, dem
18. Oktober, um 12 Uhr im CIP-Pool in der Amalienstr. 17
statt.
Die Teilnahme daran ist für alle
Praktikumsteilnehmer verpflichtend .
Allgemeine Informationen
Projektphase während der Vorlesungszeit:
18.10. – 20.12.
Di 12-14
CIP-Pool, Amalienstr. 17
Blockveranstaltung:
20.02.–24.02., 9ct–13
Schellingstr. 3, S007
20.02.–24.02., nachmittags
LMU CIP-Pool Amalienstr.17
25.02.–09.03., ganztägig
LMU CIP-Pool Amalienstr.17
Praktikumswebseite
Zum laufenden Programmierpraktikum gibt es eine
interne Praktikumswebseite , die die
Aufgaben, Folien, Literaturhinweise und weitere Informationen für
die Teilnehmer enthält (noch nicht verfügbar).
interne Spielewebseite .
Anmeldung
Aus organisatorischen Gründen ist eine
Anmeldung zum
Programmierpraktikum
Voraussetzungen
Umgang und Programmierung unter Unix/Linux Systemen sowie
Programmierkenntnisse in Java und Perl, wie sie im ersten Studienjahr
durch aktive praktische Erfahrungen im Programmieren zu erwerben sind,
werden vorausgesetzt.
Um zum Blockteil der Veranstaltung zugelassen zu werden, ist für
alle Teilnehmer die erfolgreiche Teilnahme am Projekt während der
Vorlesungszeit notwendig.
Die Details werden noch bekannt gegeben.
Ziel des Programmierpraktikums
Nach dem Programmierpraktikum sollen die Teilnehmer einen guten Einblick in
webbasierte Bioinformatikanwendungen und die derzeit vorherrschend dazu
eingesetzte Infrastruktur und Tools haben und eigenständig neue
Applikationen benutzergerecht entwickeln und präsentieren können.
Inhalt
Im Praktikum werden Bioinformatik-Anwendungsprogramme, Infrastruktur- und
Programmierwerkzeuge zu einer Basisarbeitsumgebung für die
Bioinformatik integriert. Dabei werden Basiskenntnisse in allen drei
Bereichen
Bioinformatikanwendungen
Betriebssystem, Web, Datenbanken, Skripting, und
Programmierung
vermittelt und eingesetzt. Als Bioinformatik Anwendungungsprogramme
werden Tools wie Blast, Fasta, Rasmol, ... verwendet. Einige neue Tools
der Arbeitsumgebung werden im Praktikum in Java oder Perl implementiert.
Die Programme werden über eine Webschnittstelle angesprochen und die
Ergebnisse der Programme ebenfalls per Webbrowser visualisiert.
Zur Implementierung und Integration werden Perl und Java unter Linux,
MySql und HTML/XML eingesetzt.
Projektphase während der Vorlesungszeit
In der Vorlesungszeit werden im Rahmen eines kleinen Projekts (Computerspiel) die
Software-Kenntnisse in Java aufgefrischt.
Das erfolgreiche Bestehen dieses Projekts ist Voraussetzung für die
Zulassung zum Blockteil.
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