Praktikum Netzwerk- und Expressionsdaten-Analyse (WS2015/16, NEAP)

• Raum: Seminar room A 406 + A 305/308, Amalienstr. 17
• Beginn und Einführung: Donnerstag,13.10.2015 15:00, A 406
• Zeit:
  • Während des Semesters: Dienstag (12:00-18:00), Donnerstag (14:00-18:00, Vorträge)
  • Dienstags sowie Donnerstag Vormittag kann frei an praktikumsrelevanten Themen gearbeitet werden. Zu den Vorträgen herrscht Anwesenheitspflicht.
  • Semesterferien: 2 Wochen Blockkurs 15.2.-29.2.2015
    oder über die Semesterferien mit Abnahme Anfang April 2016.
• Umfang: 10 SWS / 12 ECTS (10P/Block)
• Der Abschluss des Praktikums ist die Gobi2016/NEAP2016 Conference.

Teilnehmende Studierende:

• Alexander Grün
• Max Herzog

Mit Beginn des Praktikums werden alle nötigen Materialien auf einer internen Seite veröffentlicht (Interne Webseite)

Das Praktikums befasst sich mit den aktuellen Version verschiedener großer Kompendien experimenteller Hochdurchsatzdaten (TCGA, ENCODE, Roadmap Epigenetics). Die Teilnehmer lernen die Compendia und Methoden zur Analyse der darin enthaltenen Datensätze kennen. Jedes Praktikumsteam wird eine bioinformatschen Fragestellung in Zusammenhang mit den Compendia Daten bearbeiten.

Die genauen Themen werden in der Einführungsveranstaltung vorgestellt. Jedes Thema ist voraussichtlich von zwei teilnehmenden Studierenden (oder einzeln) zu bearbeiten.

Das Praktikum besteht aus drei Teilen:

1. Seminar und Methoden
2. Implementierung eines neuen Ansatzes
3. Anwendung auf aktuelle Daten und Schreiben eines Manuskripts

Achtung: Um den einführenden Teil zu beschleunigen und wegen einiger Feiertage im Sommersemester finden ggfs. Seminar-Vorträge am Di UND Do statt.

• Prof. Dr. Ralf Zimmer
• Dr. Florian Erhard
• Dr. Gergely Csaba

• Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)
• Programmierpraktikum Bioinformatik
• Praktikum Genomorientierte Bioinformatik

Gute Programmierkenntnisse in Java unter Linux sind notwendig. Das Praktikum wird in Kleingruppen von 2 Studenten durchgeführt.

1. Seminarvorträge
2. Abnahme eines Web-basierten Systems (je nach Thema)
3. Praktikumsbericht, Manuskript oder Paper