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Inhalt
Algorithmische Bioinformatik: Bäume und Graphen (SS 2009)
Aktuelle Hinweise
Die Wiederholungsklausur findet am 14. Oktober statt. Das zugehörige Informationsblatt 3 ist verfügbar
Die Scheine können ab 17. August im Sekretariat bei
Frau Schneider im Raum 405 abgeholt werden.
Die Daten wurden auch an den Prüfungsausschuss übermittelt.
Das Skript (V3.44/26.08.09) ist verfügbar.
Zur Diskussion besteht u.a. auch im Forum www.die-informatiker.net die Möglichkeit.
Allgemeine Informationen
Dozent:
Volker Heun Umfang und Hörerkreis:
4 SWS Vorlesung + 2 SWS Tutorübung / 9 ECTS-Punkte
Vorlesung für Studierende der Bioinformatik
Vorlesung für Studierende der Informatik
Zeit und Ort:
Di 10-12 Theresienstr. 41, C112 Do 10-12 Theresienstr. 41, C112
Übungen:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Voraussetzungen
Stoff des Bioinformatik bzw. Informatik Grundstudiums
Inhalt der Vorlesung
Die Vorlesung behandelt voraussichtlich die folgende Themen:
Physical Mapping
PQ-Bäume und Consecutive Ones Property
PQR-Bäume, PC-Bäume und andere Varianten
Exkurs: Union-Find-Datenstrukturen
Intervall-Graphen und parametrisierte Sandwich-Probleme
Evolutionary Trees
binäre perfekte Phylogenie
allgemeine perfekte Phylogenie
perfekte Phylogenie mit zwei Merkmalen
ultrametrische Bäume
additive Bäume
kompakt additive Bäume
Exkurs: Priority Queues und Fibonacci-Heaps
Sandwich- und Approximationsprobleme
Splits und Splits-Graphen
Kombinatorische Methoden zur Strukturvorhersage
Grand Canonical Model
Transformation auf Schnitte in Netzwerken
Erweiterungen
Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte detaillierte
Inhaltsangabe zur Verfügung gestellt.
Scheinerwerb
Einen Schein erhält, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben
erreicht und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt.
Die Semestralprüfung findet als schriftliche Prüfung statt.
Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen
bis Ende April anmelden.
Die Semestralklausur fand am Donnerstag, den 23. Juli um 9:00 im Raum C112
in der Theresienstr. 41 statt.
Die Wiederholungsklausur findet am Mittwoch, den 14. Oktober um 9:00 im Raum 405
in der Amalienstr. 17 statt.
Informationsblätter
Übungsblätter
Übungsblatt Abgabe bis
Blatt 1 (vom 28.04.09) Dienstag, den 05.05.09 vor der Vorlesung
Blatt 2 (vom 05.05.09) Dienstag, den 12.05.09 vor der Vorlesung
Blatt 3 (vom 12.05.09) Dienstag, den 19.05.09 vor der Vorlesung
Blatt 4 (vom 19.05.09) Dienstag, den 26.05.09 vor der Vorlesung
Blatt 5 (vom 26.05.09) Dienstag, den 09.06.09 vor der Vorlesung
Blatt 6 (vom 09.06.09) Dienstag, den 16.06.09 vor der Vorlesung
Blatt 7 (vom 16.06.09) Dienstag, den 23.06.09 vor der Vorlesung
Blatt 8 (vom 23.06.09) Dienstag, den 30.06.09 vor der Vorlesung
Blatt 9 (vom 30.06.09) Dienstag, den 07.07.09 vor der Vorlesung
Blatt 10 (vom 07.07.09) Dienstag, den 14.07.09 vor der Vorlesung
Blatt 11 (vom 14.07.09, Bonusblatt) Dienstag, den 21.07.09 vor der Vorlesung
Semestralklausur (vom 23.07.09)
Lösungsskizzen dazu
Material
Es wird vorlesungsbegleitend ein Skript
zur Verfügung gestellt.
Literatur zur Vorlesung
H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz:
Algorithmischen Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und
Komplexität , Teubner, 2003.
P. Clote, R. Backofen:
Computational Molecular Biology - An Introduction , Wiley,
2000.
J. Felsenstein:
Inferring Phylogenies , Sinauer Associates, 2004.
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and
Computational Biology , Cambridge University Press, 1997.
V. Heun:
Algorithmische Bioinformatik I/II/III ,
Skriptum ,
2001-2005
M. Nei, S. Kumar:
Molecular Evolution and Phylogenetics , Oxford University Press,
2000.
C. Semple, M. Steel:
Phylogenetics ,
Oxford Lecture Series in Mathematics and its Applications, Vol. 24.
Oxford University Press, 2003.
J.C. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology ,
PWS Publishing Company, 1997.
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