(see CASP Prediction CENTER)
Aktuelles
Mit Beginn des Praktikums werden alle nötigen Materialien auf einer internen Seite veröffentlicht (Interne Seite)
In den ersten Wochen des Praktikums werden aus den Teilnehmern vorraussichtlich Gruppen zu etwa vier Personen gebildet. Wir werden versuchen schon vor dieser Einteilung einen möglichst guten Einblick in die Schwerpunktthemen zu geben, die im Seminarteil zur Wahl stehen. Der folgende Rückblick soll den leichteren Einstieg in die Materie ermöglichen: John Moult, A decade of CASP: progress, bottlenecks and prognosis in protein structure prediction, Current Opinion in Structural Biology Volume 15, Issue 3, , Sequences and topology/Nucleic acids, June 2005, Pages 285-289 (DOI).
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Die erste Veranstaltung ist am Donnerstag, 18.10.2012, 14:00 im SR 105, Amalienstr. 17.
Im Praktikum werden Methoden zur Proteinstrukturverhersage theoretisch eingeführt, in praktischen Lösungen behandelt und implementiert. In der Projektarbeit soll ein vollständiges System entworfen und implementiert werden, das für gegebene Proteinsequenzen bzw. die open reading frames eines mikrobiellen Genoms oder einer genomischen Region eines höheren Organismus mögliche Strukturvorhersagen berechnet und visualisiert. Ziel ist die Entwicklung eines Strukturvorhersageservers in jeder Gruppe. Dabei sind etablierte Verfahren zu integrieren bzw. zu implementieren und gegebenenfalls neue Verfahren zu entwicklen. Letztlich soll das System einer Evaluierung und die verwendeten Methoden einer kritischen quantitativen Bewertung unterzogen werden, ähnlich wie bei den weltweit durchgeführten Bioinformatik Experimenten CASP oder LiveBench. Ziel ist es, möglichst effizient eine möglichst gute Annotation für möglichst viele Sequenzen zu bestimmen. Dabei sind der kreativen und innovativen Anwendung und Kombination aller möglichen Bioinformatikmethoden keine Grenzen gesetzt.
Das Praktikum gliedert sich in drei Teile, die jeweils in Projektteams bearbeitet werden: Vorlesungsteil, Seminarteil, Projektarbeit. Im Vorlesungsteil werden Methoden der Softwareentwicklung am Beispiel von am Lehrstuhl verwendeten Softwarepaketen eingeführt, fortgeschrittene Alignmentmethoden und Methoden zur Homologieerkennung erläutert, sowie häufig verwendete Evaluationsmethoden im Bereich der strukturellen Bioinformatik vorgestellt. Im zweiten Teil des Praktikums werden in einem Seminarteil die wichtigsten Methoden, Programme, Datenbanken in Teams erarbeitet, die sich in den vergangenen CASP und CAFASP Assessments bewertet haben. Ziel ist hier einen Überblick über gängige Methoden zu bekommen sowie erfolgreiche Verfahren zu verstehen und für die Projektarbeit nutzbar zu machen. Beide Teile (Vorlesungs- und Seminarteil) werden durch praktische Übungen begleitet, in denen die vorgestellten Techniken in der Praxis verwendet werden sollen. In der dritten Phase dient die Projektarbeit dazu, einen funktionsfähigen und effizienten CASP/CAFASP Server inklusive der Bewertungs und Visualisierungskomponenten zu implementieren und anhand realistischer Beispiele genomischer Regionen und Proteinsequenzen zu evaluieren.
Weitere Informationen und Literatur findet sich auch auf der entsprechenden Webseite: http://predictioncenter.org/
Die Beschreibung und weiterführende Literatur findet sich in den entsprechenden Sonderheften von PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics.
Siehe die letzte Sonderausgabe zu CASP9 (2010): PROTEINS, 2011, Volume 79, Issue S10, Pages 1–207
und weitere Sonderhefte zu den vorherigen Wettbewerben
