Propädeutikum Programmierung in der Bioinformatik

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Aktuelle Hinweise

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Die Veranstaltung wird in Zusammenarbeit mit der Fachschaft Bioinformatik durchgeführt. Anhand von praktischen Beispielen werden grundlegende Konzepte der JAVA-Programmierung vertieft und erweitert. Der Schwerpunkt liegt auf Problemlösung und Projektplanung kleinerer Softwareprojekte: zu jedem Übungsprojekt gibt es zwar eine Aufgabenstellung, aber keinen vorgegebenen Lösungsweg. Die Projekte werden vor Ort in Einzel- oder Teamarbeit unter der Betreuung studentischer Tutoren bearbeitet.

Es erfolgt keine Semestralprüfung. Der Kurs wird zur Vorbereitung auf das Programmierpraktikum Bioinformatik empfohlen. Eine Anmeldung ist nicht erforderlich.

Zeit und Ort:

10ct-12

CIP Pool

Amalienstraße 17

Voraussetzungen

Grundlegende Programmierkenntnisse aus den Veranstaltungen des 1. Fachsemesters.

Zeitplan und Projekte

Datum	Projekt	Folien	Material
7. April	Projekt 1: Einführung, Shell, Vier Gewinnt	keine Folien
14. April
21. April	keine Veranstaltung (Ostermontag)
28. April	Projekt 2: Netzwerksimulation	Projekt 2
5. Mai		JFreechart
12. Mai		Fuzzy Logic
19. Mai			network_dataset
26. Mai	Projekt 3: Genome Viewer	Projekt 3	genome annotation
2. Juni
9. Juni	keine Veranstaltung (Pfingstmontag)
16. Juni		Lösungsfolien
23. Juni	Projekt 4: Grafische Benutzeroberfläche
30. Juni
7. Juli

Projekt 1 - Vier Gewinnt

Programmierung eines einfachen 4-Gewinnt-Spiels. Über die Konsole sollen Spielzüge auf einem Spielfeld durchgeführt werden. Das Spielfeld wird nach jedem Zug ausgegeben und der Computer stellt automatisch fest ob es einen Gewinner gibt.

Projekt 2 - Netzwerksimulation

Zunächst wird die nötige Datenstruktur zur Repräsentation eines Netzwerks implementiert. In diesem Fall handelt es sich um ein genregulatorisches Netzwerk: die Knoten stellen Gene dar, die Kanten regulatorische Beziehungen (Aktivierung oder Inhibition) zwischen diesen. Im zweiten Schritt wird der zeitliche Verlauf der Expression aller Gene im Netzwerk simuliert.

Projekt 3 - Genome Viewer

In diesem Projekt wird die Genstruktur eines Genoms per HTML visualisiert. Dazu wird zunächst eine Datei mit der Annotation gelesen und in eine passende Datenstruktur geladen. Die Datenstruktur wird anschließend in mehrere verlinkte html-Seiten ausgegeben und kann im Browser betrachtet und navigiert werden.

Projekt 4 - Grafische Benutzeroberfläche

Das Vier Gewinnt aus dem ersten Projekt wird um eine grafische Benutzeroberfläche erweitert. Das Spielfeld soll dazu angezeigt werden, und der Benutzer soll über mehrere Buttons wählen können, an welcher Stelle der nächste Spielstein gesetzt wird. Verwendet werden die "swing" api und ein grafischer gui-designer.

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