Algorithmische Bioinformatik: Netzwerke, Graphen und Systeme (SS 2014)

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Aktuelle Hinweise

Die Nachholklausur findet am Montag, den 13.10.2014, um 10:00-12:00 in Raum A 105 in der Amalienstr. 17 statt.
Die Klausurergebnisse sind hier zu finden.
Die Klausur findet am Montag, den 7.7. 2014 12:00-14:00, im Raum M 105 im Hauptgebäude statt.
(3.4.2014) Für die Vorlesung ist eine Anmeldung nötig. Das Anmeldeformular ist hier zu finden.
(3.4.2014) Die Vorlesung am Montag, den 14.4.2014 fällt aus.
Die Vorlesung beginnt am Mi, den 09.04.2014.

Allgemeine Informationen

Dozent:

Prof. Dr. Caroline Friedel

Umfang:

SWS 4V+2Ü (9 ECTS)

Zeit und Ort:

Mo	12-14	Amalienstr. 17	105
Mi	10-12	Amalienstr. 17	105

Übungen:

2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistenten: Thomas Bonfert, Evi Berchtold

12-14

Amalienstr. 17, 105

Inhalt der Vorlesung

Inhalte der Vorlesung sind unter anderem: Einführung in Graphtheorie und -algorithmen, komplexe Netzwerke und Netzwerkeigenschaften (scale-free nets, network modules), Petrinetze, Bayes'sche und Boolsche Netzwerke.

Übungsblätter

Die Vorgaben für die Abgabe von Programmen hier zu finden.

Übungsblatt	Abgabe am	Dateien	Lösungen
Blatt 1	22.04.2014	Li2004a.tab	Beispiel dot Datei
Blatt 2	29.04.2014
Blatt 3	06.05.2014
Blatt 4	13.05.2014
Blatt 5	20.05.2014
Blatt 6	27.05.2014
Blatt 7	03.06.2014
Blatt 8	10.06.2014
Blatt 9	17.06.2014
Blatt 10	24.06.2014
Blatt 11	24.06.2014

Material/Folien

Die Folien zur Vorlesung sind hier zu finden.

Literatur zur Vorlesung

Graphs

Cormen, Leiserson, Rivest, Stein, Introduction to Algorithms, MIT Press, 2001 (3rd. ed. 2009)
Claude Berge, Graphs and hypergraphs, Amsterdam, North-Holland Publ., 1973
Korte & Vygen, Combinatorial Optimization. Theory and Algorithms (Algorithms and Combinatorics) , Springer Verlag, 2000
Dieter Jungnickel, Graphs, Networks and Algorithms, (1998) Springer, 2005

Complex Networks

Review: R.Albert & A.-L.Barabasi, Statistical mechanics of complex networks, Reviews of modern physics, Vol 74, Jan. 2002
Review: Newman, M., The structure and function of complex networks, SIAM Review, 2003, 45, 167- 256
Review: Dorogovtsev, S. & Mendes, J., Evolution of networks , Adv. Phys, 2002, 51, 1079-1187
Fox Keller, E., Revisiting “scale-free” networks, Bioessays, 2005, 27, 1060-1068

Petri Nets

Review: T. Murata, Petri nets: Properties, Analysis, and Applications, Proceedings of the IEEE, 1989

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