Algorithmische Bioinformatik II (WS 2010/11)

• Approximierbarkeit
• Multiple Sequence Alignment
• Probabilistic Modeling
• Hidden Markov Models

Im Laufe der Vorlesung wird eine aktualisierte detaillierte Inhaltsangabe zur Verfügung gestellt.

Einen Schein erhält, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben erreicht und erfolgreich an der Semestralprüfung teilnimmt. Die Semestralprüfung findet als schriftliche Prüfung statt.

Wer einen Schein erwerben will, muss sich zur Vorlesung und den Übungen bis zum 26. Oktober anmelden.

Die Semestralklausur findet am Mittwoch, den 16. Februar um 9:00 Uhr im Hörsaal A240 im Hauptgebäude der LMU statt, die Wiederholungsklausur am Donnerstag, den 28. April um 14 Uhr im Hörsaal A125 im Hauptgebäude der LMU statt.

Es wird vorlesungsbegleitend ein Skript, zur Verfügung gestellt.

• S. Aluru (Ed.): Handbook of Computational Molecular Biology, Chapman and Hall/CRC, 2006.
• G. Ausiello, P. Crescenzi, G. Gambosi, V. Kann, A. Marchetti-Spaccamela, M. Potasi: Complexity and Approximation: Combinatorial Optimization Problems and Their Approximability, Springer, 1999.
• H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz: Algorithmische Grundlagen der Bioinformatik: Modelle, Methoden und Komplexität, Teubner, 2003.
• P. Clote, R. Backofen: Computational Molecular Biology - An Introduction, Wiley, 2000.
• R.C. Deonier, S. Tavare, M.S. Waterman: Computational Genome Analysis, Springer, 2005.
• R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchinson: Biological Sequence Analysis - Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998.
• W.J. Ewens, G.R. Grant: Statistical Methods in Bioinformatics, Springer, 2001.
• D. Gusfield: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997.
• V. Heun: Algorithmische Bioinformatik, Skriptum, 2001-2008.
• A. Isaev: Introduction to Mathematical Methods in Bioinformatics, Springer, 2004.
• N.C. Jones, P.A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT Press, 2004.
• T. Koski: Hidden Markov Models for Bioinformatics, Kluwer Acedimics Publishers, 2001.
• J.C. Setubal, J. Meidanis: Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Company, 1997.
• M.S. Waterman: Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and Genomes, Chapman and Hall, 1995.
• I. Wegener: Komplexitätstheorie - Grenzen der Effizienz von Algorithmen, Springer 2003.