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Practical Course - Expression Data Analysis

Aktuelles

Passwortgeschützter Bereich

Eine passwortgeschützte Seite mit den Vergebenen Themen/Papern ist nun verfügbar.

  • Ort: Seminarraum 105/cip-pool, Amalienstr. 17
  • Beginn und Vorbesprechung: 21.04.2009
  • Termin: im Vorlesungszeitraum: Mi, 9 - 13
  • anschliessend: 2 Wochen Blockveranstaltung
  • Umfang: 10SWS (10P/Block)
  Zeitplan
Ein detaillierter Zeitplan mit verlinktem Material ist auf der passwortgeschützte Seite
zu finden.
Termin Thema Vortragender
21.04.2009 Einführungsveranstaltung Prof. Ralf Zimmer
29.04.2009 Expressionsdaten, Eine Übersicht Prof. Ralf Zimmer
29.04.2009 DREAM Tobias Petri
06.05.2009 Expressiondaten, Analyse-Verfahren Dr. Robert Küffner
06.05.2009 Validierungsmethodik Dr. Caroline Friedel
13.05.2009 Studentische Vorträge
20.05.2009 Studentische Vorträge
27.05.2009 Milestone A, Abnahme des Basissystems
 Plenum
24.06.2009 Milestone B, Abnahme Prototypen Plenum
25.07.2009 SEMSTERENDE -
29.07.2009
Di, 28.07.2009		 Milestone C, Abnahme Blockphasenkonzepte Plenum
Mi, 12.08.2009 Endabnahme Plenum
Betreuer
Vorkenntnisse
  • Grundstudium Bioinformatik (Bachelor oder Diplom)
  • Bioinformatik Programmierpraktikum
  • Genomorientiertes Programmierpraktikum
Beschreibung
In diesem Fortgeschrittenen-Seminar/Praktikum werden moderne Softwareplattformen und Methoden für die Expressionsdatenanalyse vorgestellt und auf aktuelle Datensätze aus der Medizin- und Pharmaforschung angewendet. Desweiteren werden die Teilnehmer als Team in Zusammenarbeit mit Betreuern eine neuartige Methoden zur Genexpressionsanalyse entwickeln und eine entsprechende Veröffentlichung vorbereiten. Dazu werden Standardmethoden zur Daten-Präprozessierung, und -Normalisierung, Bestimmung differentiell regulierter Gene, zum Vergleich verschiedener Datensätze und Clustering von Genen und Proben, sowie LDA/PCA benutzt und verschiedene Tools für die einzelnen Schritte evaluiert. Schliesslich soll die entwickelte Methode zur Analyse eines konkreten aktuellen Expressionsdatensatzes aus der Forschung angewendet werden. Insbesondere sollen die entwickelten Projekte eine direkte Integration in die Challenges der DREAM Initiative beinhalten.
Ablauf
Die Veranstaltung hat drei Teile:
  1. Seminar- und Methodenteil
  2. Implementierung eines neuartigen Verfahrens zur Analyse von Genexpressionsdaten
  3. Anwendung auf aktuelle Daten und Schreiben eines Papers
Zur Beachtung: Während des Seminarteils finden ggf. Vorträge auch Donnerstags statt um einen raschen Einstieg in die praktische Problemlösung zu finden.
Literatur
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