Algorithmische Bioinformatik: Netzwerke, Graphen und Systeme (SS 2012)

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Aktuelle Hinweise

(19.09.12) Die Nachholklausur findet am 16.10.12 um 12 Uhr s.t. im Raum 406 statt. Als Hilfsmittel ist ein beidseitig handbeschriebenes A4 Blatt erlaubt.
(21.07.12) Die Klausur findet am 14.08.12 um 10 Uhr s.t. im Raum 406 statt. Als Hilfsmittel ist ein beidseitig handbeschriebenes A4 Blatt erlaubt.
(13.07.12) Übungsblatt 11 wurde aktualisiert.
(10.07.12) Die Klausur wird auf Anfang August verschoben. Ein genaues Datum folgt in Kürze. In der Übung am 12.07. können Fragen zum Vorlesungsstoff und zur Klausur gestellt werden.
Die Vorlesung und Übung am 28.6. wurden verlegt auf 27.6. um 10:30.
(31.05.12, 09:45 Uhr) Übungsblatt 6 wurde aktualisiert.
Das erste Übungsblatt ist online.
Für die Teilnahme zur Vorlesung ist eine Anmeldung notwendig. Das Anmeldeformular befindet sich hier.
Die Vorlesung beginnt am Donnerstag, den 19.4.2012.

Allgemeine Informationen

Dozent:

Caroline Friedel

Ralf Zimmer

Umfang:

SWS 4V+2Ü (9 ECTS)

Zeit und Ort:

Fragestunde Vorlesung

10-11

Amalienstr. 17, 406

Übungen:

2 SWS Übung zur Vorlesung
Assistenten: Thomas Bonfert, Lukas Windhager

Fragestunde Übung

11-12

Amalienstr. 17, 406

Inhalt der Vorlesung

Die Vorlesung gehört zum Grundkanon des Bioinformatikstudiums (ab 6. Fachsemester) und behandelt algorithmische Ansätze der Bioinformatik. Grundlegende Techniken des Algorithmenentwurfs, der Algorithmik, der Graphentheorie, der mathematischen Optimierung und Datenanalyse, sowie probabilistische Modelle und maschinelles Lernen werden eingeführt und auf Bioinformatikprobleme angewendet. Die Vorlesung ist der dritte Teil eines dreisemestrigen Zyklus. Teil I konzentriert sich auf Algorithmenanalyse sowie diskrete und kombinatorische Techniken, Teil II auf speziellere Methoden der kombinatorischen Optimierung und probabilistische Verfahren, und Teil III auf Netzwerk-Theorie und Graphalgorithmen.

Inhalte der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik: Systeme und Netzwerke sind unter anderem: Einführung in Graphtheorie und -algorithmen, komplexe Netzwerke und Netzwerkeigenschaften (scale-free nets, network modules), Petrinetze, Bayes'sche und Boolsche Netzwerke.

Übungsblätter

Die Vorgaben für die Abgabe von Programmen hier zu finden.

Übungsblatt	Abgabe am	Dateien	Lösungen
Blatt 1	01.05.2012	Li2004a.tab	Beispiel dot Datei
Blatt 2	08.05.2012
Blatt 3	15.05.2012
Blatt 4	22.05.2012
Blatt 5	29.05.2012
Blatt 6	05.06.2012
Blatt 7	19.06.2012
Blatt 8	26.06.2012
Blatt 9	03.07.2012
Blatt 10	10.07.2012
Blatt 11 (Bonus)	17.07.2012

Material/Folien

Die Folien zur Vorlesung sind hier zu finden.

Literatur zur Vorlesung

Graphs

Cormen, Leiserson, Rivest, Stein, Introduction to Algorithms, MIT Press, 2001 (3rd. ed. 2009)
Claude Berge, Graphs and hypergraphs, Amsterdam, North-Holland Publ., 1973
Korte & Vygen, Combinatorial Optimization. Theory and Algorithms (Algorithms and Combinatorics) , Springer Verlag, 2000
Dieter Jungnickel, Graphs, Networks and Algorithms, (1998) Springer, 2005

Complex Networks

Review: R.Albert & A.-L.Barabasi, Statistical mechanics of complex networks, Reviews of modern physics, Vol 74, Jan. 2002
Review: Newman, M., The structure and function of complex networks, SIAM Review, 2003, 45, 167- 256
Review: Dorogovtsev, S. & Mendes, J., Evolution of networks , Adv. Phys, 2002, 51, 1079-1187
Fox Keller, E., Revisiting “scale-free” networks, Bioessays, 2005, 27, 1060-1068

Petri Nets

Review: T. Murata, Petri nets: Properties, Analysis, and Applications, Proceedings of the IEEE, 1989

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