Lukas Windhager

E-Mail:	Lukas.Windhager * at * bio.ifi.lmu.de
Telefon:	+49-89-2180-4055
Fax:	+49-89-2180-99-4055
Adresse:	Lehr- und Forschungseinheit Bioinformatik Institut für Informatik Ludwig-Maximilians-Universität München
	Amalienstr. 17, 80333 München
Raum:	402, 4. Etage

Forschung

Systembiologie
Petri Net und Fuzzy Logic basierte Simulationen
RNAseq

Lehre

SS 2012	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik: Netzwerke, Graphen und Systeme
WS 2011/12	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik II Betreuung des Praktikums Praktikum Genomorientierte Bioinformatik Betreuung des Praktikums Programmierpraktikum Bioinformatik
SS 2011	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I
WS 2010/11	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Systembiologie Betreuung des Praktikums Praktikum Genomorientierte Bioinformatik Betreuung des Praktikums Programmierpraktikum Bioinformatik
SS 2010	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik: Systeme und Netzwerke
WS 2009/10	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik II Betreuung des Seminars Aktuelle Probleme der Bioinformatik Betreuung des Programmierpraktikums Bioinformatik
SS 2009	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik I Betreuung des Seminars Aktuelle Probleme der Bioinformatik
WS 2008/09	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Systembiologie Betreuung des Seminars Aktuelle Probleme der Bioinformatik Betreuung des Programmierpraktikums Bioinformatik
SS 2008	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik: Systeme und Netzwerke Betreuung des Seminars Aktuelle Probleme der Bioinformatik
WS 2007/08	Betreuung der Vorlesung Algorithmische Bioinformatik II Betreuung des Programmierpraktikums Bioinformatik

Publikationen

2014

Papers

Lukas Windhager, Jonas Zierer, Robert Küffner. Refining ensembles of predicted gene regulatory networks based on characteristic interaction sets. PLoS One, vol 9, no. 2, pp. e84596, 2014.

BibTex

2013

Papers

Kaspar Burger, Bastian Mühl, Markus Kellner, Michaela Rohrmoser, Anita Gruber-Eber, Lukas Windhager, Caroline C. Friedel, Lars Dölken, Dirk Eick. 4-thiouridine inhibits rRNA synthesis and causes a nucleolar stress response. RNA biology, vol 10, 2013 Sep 4 2013.

BibTex

Theses

Lukas Windhager. Modeling of Dynamic Systems with Petri Nets and Fuzzy Logic. PhD Thesis, LMU München, 2013.

E-Diss

BibTex

2012

Papers

Tobias Stögbauer, Lukas Windhager, Ralf Zimmer, Joachim O. Rädler. Experiment and Mathematical Modeling of Gene Expression Dynamics in a Cell-Free System. Integrative Biology, vol 4 (5), pp. 494 - 501, 2012.

BibTex

Robert Küffner, Tobias Petri, Pegah Tavakkolkhah, Lukas Windhager, Ralf Zimmer. Inferring Gene Regulatory Networks by ANOVA. Bioinformatics, vol 28, no. 10, pp. 1376-1382, March 2012.

BibTex

Lisa Marcinowski, Michael Lidschreiber, Lukas Windhager, Martina Rieder, Jens B. Bosse, Bernd Rädle, Thomas Bonfert, Ildiko Györy, deMiranda Graaf, daOlivia Prazeres Costa, Philip Rosenstiel, Caroline C. Friedel, Ralf Zimmer, Zsolt Ruzsics, Lars Dölken. Real-time Transcriptional Profiling of Cellular and Viral Gene Expression during Lytic Cytomegalovirus Infection. PLoS Pathog, vol 8, no. 9, pp. e1002908, 2012.

BibTex

Lukas Windhager, Thomas Bonfert, Kaspar Burger, Zsolt Ruzsics, Stefan Krebs, Stefanie Kaufmann, Georg Malterer, Anne L'Hernault, Markus Schilhabel, Stefan Schreiber, Philip Rosenstiel, Ralf Zimmer, Dirk Eick, Caroline C. Friedel, Lars Dölken. Ultrashort and progressive 4sU-tagging reveals key characteristics of RNA processing at nucleotide resolution.. Genome research, vol 22, pp. 2031-42, 2012 Oct 2012.

BibTex

2010

Papers

Wolfgang Fischer, Lukas Windhager, Stefanie Rohrer, Matthias Zeiller, Arno Karnholz, Reinhard Hoffmann, Ralf Zimmer, Rainer Haas. Strain-specific genes of Helicobacter pylori: Genome evolution driven by a novel type IV secretion system and genomic island transfer. Nucleic Acids Research, vol 38, no. 18, pp. 6089-101, Epub May 2010 2010.

BibTex

Lukas Windhager, Florian Erhard, Ralf Zimmer. Fuzzy modeling. Ina Koch, Wolfgang Reisig, Falk Schreiber (eds.): Modeling in Systems Biology: The Petri Net Approach, Springer, 2010.

BibTex

R. Küffner, Tobias Petri, Lukas Windhager, Ralf Zimmer. Petri Nets with Fuzzy Logic (PNFL): Reverse Engineering and Parametrization. PLoS One, vol 5, pp. e12807, 09 2010.

BibTex

2009

Papers

Fabian Birzele, Gergely Csaba, Florian Erhard, Caroline C. Friedel, R. Küffner, Tobias Petri, Lukas Windhager, Ralf Zimmer. Algorithmische Systembiologie mit Petrinetzen – Von qualitativen zu quantitativen Systemmodellen. Informatik-Spektrum, vol 32, no. 4, pp. 310-319, 2009.

DOI
Journal version

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2008

Papers

Lukas Windhager, Ralf Zimmer. Intuitive Modeling of Dynamic Systems with Petri Nets and Fuzzy Logic. German Conference on Bioinformatics, September 9-12, 2008, Dresden, Germany, Lecture Notes in Informatics, vol P-136, pp. 106-115, Gesellschaft für Informatik, 2008.

BibTex

2007

Theses

Lukas Windhager. Vergleichende Genomanalyse eines neu sequenzierten H.pylori Stamms. Master Thesis, LFE Bioinformatik, LMU München, July 2007.

BibTex

2005

Theses

Lukas Windhager. Inference of Regulatory Networks Using Physical Models. Bachelor Thesis, LFE Bioinformatik, LMU München, September 2005.

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Lebenslauf

Arbeitserfahrung und Praktika
seit 2007	Wissenschaftlicher Mitarbeiter, LFE Bioinformatik, LMU München
2005 - 2007	Studentische Hilfskraft, LFE Bioinformatik, LMU München
Ausbildung
seit 2007	Promotionsstudium Bioinformatik, LFE Bioinformatik, LMU München
2005-2007	Studium der Bioinformatik (Master) an der LMU München und der TU München, Abschluss: M.sc.
2002-2005	Studium der Bioinformatik (Bachelor) an der LMU München und der TU München, Abschluss: B.sc.
2001-2002	Präsenzdienst als Einjährig Freiwilliger beim österreichischen Bundesheer. Ausbildung zum Milizoffizier. Waffengattung Nachschub und Transport.
1992-2001	Matura, Bundesrealgymnasium Salzburg, Österreich

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